Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 3 Klaten merupakan lembaga pendidikan bercirikan agama Islam guna mempersiapkan peserta didik menghadapi perkembangan dan tantangan masa depan.

Madrasah ini berada di bawah naungan Kementerian Agama Republik Indonesia yang berdiri tahun 1997 dan telah terakreditasi “A”.

Saat ini jumlah rombongan belajar di MAN 3 Klaten adalah 12 rombel. Rombel tersebut terbagi atas tiga kelas yaitu kelas X sebanyak empat rombel, kelas XI sebanyak empat rombel, dan kelas XII sebanyak empat rombel dengan dua jurusan, yakni Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) dan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS).

MAN 3 Klaten berdiri dari relokasi MAN Fillial Popongan yang berada di Popongan Klaten yang dipindah/relokasi ke Prambanan Kab. Klaten pada tahun 1997. Setelah berjalan kurang lebih 3 bulan status fillial ditingkatkan menjadi status negeri penuh pada tahun 1997 dengan SK Menteri Agama Nomor: KMA/107/1997 tanggal 10 Maret 1997.

Penjelasan singkat tentang sejarah berdirinya MAN 3 Klaten dapat disimak sebagai berikut:

• MAN Fillial Popongan berdiri tahun 1993 berdasarkan SK Nomor: Wk/5.d/PP.03.2/226/1993 tanggal 30 Januari 1993.
• Direlokasi ke Prambanan pada tahun 1997 berdasarkan SK Kakanwil Departemen Agama Prop. Jawa Tengah No. : Wk/5.d/PP.00.6/592/1997 tanggal 10 Maret 1997.
• Status Fillial ditingkatkan menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) berdasarkan SK Menteri Agama No. : KMA/107/1997 tanggal 17 Maret 1997.