Jadwal pelajaran disusun oleh tim kurikulum MAN 3 Klaten. Kegiatan belajar dan mengajar yang berlangsung di MAN 3 Klaten dilaksanakan dalam 6 (enam) hari, pada Senin hingga Sabtu dengan 9 jam pelajaran. Setiap jam pelajaran berlangsung selama 45 menit sejak pukul 07.00 dan berakhir pada pukul 14.20. Siswa akan mendapat jam istirahat selama 15 menit pada pukul 10.00 dan 20 menit pada pukul 11.45 untuk melaksanakan ibadah salat zuhur. Khusus pada hari Jumat, kegiatan belajar mengajar dimulai pada pukul 08.00 setelah kegiatan Jumat pagi yang dimulai pukul 07.00. Satu jam pelajaran di hari Jumat berlangsung selama 35 menit dengan waktu istirahat selama 15 menit pada pukul 10.20.

Di masa pandemi Covid-19, jadwal pelajaran mengalami penyesuaian jumlah jam dan waktu belajar.

Jadwal selengkapnya dapat dilihat pada menu turunan dari menu Jadwal Pelajaran ini.