Sebagai lembaga pendidikan keagamaan Islam, berikut struktur mata pelajaran di MAN 3 Klaten

Mapel Kelompok A (Semua Jurusan)

1. Al-Qur’an Hadis
2. Akidah Akhlak
3. Fikih
4. Sejarah Kebudayaan Islam
5. Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
6. Bahasa Indonesia
7. Bahasa Arab
8. Matematika
9. Sejarah Indonesia
10. Bahasa Inggris

Mapel Kelompok B (Semua Jurusan)

1. Seni Budaya
2. Pendidikan Jasmani, Olah Raga, dan Kesehatan
3. Prakarya dan Kewirausahaan
4. Bahasa Jawa (Muatan Lokal)

Mapel Kelompok C (Peminatan)

Peminatan IPA

1. Fisika
2. Biologi
3. Kimia
4. Matematika

Peminatan IPS

1. Geografi
2. Sejarah
3. Ekonomi
4. Sosiologi

Mapel Lintas Minat (Sesuai Kebutuhan Peserta Didik)

1. Bahasa Inggris
2. Biologi
3. Ekonomi
4. Informatika
5. Bahasa Jerman